国民党跑到台湾后，毛人凤在台湾建立起自己的情报网，正巧这时蒋经国也要在台湾大展拳脚。为摧毁毛人凤的“情报帝国”，蒋经国向毛人凤的部下求教如何击败郑介民。郑介民献计：开办训练班，招训新生，复训「保密员」、「内调员」两局干部；并在此基础上，混编。

（蒋经国）

蒋经国气势汹汹，毛人凤也无法呼吸。在国民党中常委会议上，他一反常态地宣称：“情报工作是非常专业的事情，不能让外行领导内行。戴主生前就说过，军统是十几万人的大家庭。可是，毛人凤也没想到，这种谍报制度的根本改革，非同小可，岂敢草率行事，蒋经国只好点头称是。

暗地里，蒋经国准备采取一种挖墙脚的办法，以达到目的。蒋经国将“保密局”二处处长叶翔之拉到一边，委以重任。而且，毛人凤也不是节能灯。得知蒋经国行踪后，他也毫不犹豫，以蒋介石提倡的“整肃纪律”为借口，拿出了叶翔之受贿170根金条的证词，准备亲自向蒋介石报告。叶翔之惊慌失措，不得不向蒋经国求助。蒋经国忙安慰道：“叶处长，别担心，主席那儿有话要说。那么，你到我这儿来，当大陆工作处处长，”旋即，他亲自跑到蒋介石那里去，向蒋介石说情。

（毛人凤）

原来蒋介石想培养儿子，今见蒋经国亲自说情，更断定叶翔之可再用，当即答应蒋经国的要求。蒋经国手持尚方宝剑，前脚刚走，毛人凤就把叶翔材料送来，他想借机干掉这个叛徒，同时警告蒋经国。

没料到，蒋介石看了[文]这份材料后大发雷霆[章]：“你们怎么搞的？[来]叶翔之明明是个好官[自]，何必非要整他呢？[历]”毛人凤哪敢置辩，[史]灰溜溜地走了。他明[大]白了蒋经国的厉害，[全]也知道自己很难战胜[网]他。

一九五五年，机密部改组为情报部，隶属于国防部。毛人凤仍然是“中华民国国防部情报局”的第一个局长。但现在的实力已经大打折扣。

之后，毛人凤又精心策划了一场暗杀周恩来的行动——在他所乘坐的“克什米尔公主”号上安装定时炸弹，幸好他阴差阳错地没搭上这架飞机。这次刺杀失败，毛人凤也是偷鸡不成蚀把米，反而给蒋介石制造了很大的麻烦，国际舆论都把目光指向国民党。此后，蒋介石对毛人凤深感失望。

屡次遭到打击的毛人[文]凤，自1956年以[章]来胃口一直不好，经[来]常呕吐，后来住院治[自]疗，确诊为癌症。在[历]毛人凤成了“死虎”[史]后，蒋经国仍显得十[大]分谦虚，主动拿钱请[全]毛人凤去医治。这个[网]时候毛人凤更慌乱了[文]，有人叫毛人凤“笑[章]面虎”，说他要收拾[来]谁，先收拾对谁好。[自]看着蒋经国的好意，[历]毛人凤觉得自己完蛋[史]了。

毛人凤从美国治病回来，整天心神不宁，癌细胞扩散。一九五六年十月十四日，五十八岁的毛人凤病逝。