2004年初，媒体报导霍金遭到第二任妻子虐打，这消息轰动全世界。霍金和伊莲再婚后，他的家人怀疑霍金可能遭到伊莲伊莲虐待。虽然外界传出霍金身上出现多处神秘伤痕，手腕骨折，脸部和嘴唇有很深的切口，但是霍金要求媒体尊重他的私生活”。同年3月，英国警方正式向霍金询问了解相关情况，但由于霍金不愿意提出控诉，警方最终只好结束案件。2006年夏天，64岁的霍金与第二任妻子伊莲离婚。

　　在结束了和第二任妻子的11年婚姻后，霍金和简又和好了。重新与儿孙们共享天伦之乐。为了反映这段快乐时期，简将先前著作《移动星星的音乐》进行了大幅度编修，删除了很多不堪回首的叙述，更换为对于未来盼望的语句，完成后发表为著作《遨游至天涯海角》。

　　关于霍金和前妻的离婚原因，至今仍然众说纷纭，有人说是霍金妻子出轨，也有人说是霍金爱上了另一个女人。霍金的妻子为什么离婚可以说是个谜。

　　据英国《泰晤士报》等媒体报道，霍金夫妇的代理律师已经分别进入剑桥郡的法庭，办理离婚官司。至于霍金现时是否仍和结婚已11年的伊莱恩同住，目前仍不清楚。

　　针对最新的离婚传闻，霍金本人拒绝置评。《每日邮报》引述一名消息人士的话说：“霍金和伊莱恩的关系已完了，有人说他恋上另一个女人。这是一个令人难以置信的悲伤消息，不清楚他们为何要分手。这件事情很神秘。”也有消息称，二人离婚与霍金受妻子虐待有关。剑桥郡警方曾经两度对霍金受虐传闻进行调查。据称，霍金的家人、朋友曾多次发现他身上出现外伤，包括手臂手腕折断、脸部被割伤等，但由于霍金本人不配合，调查被迫中止。