助兄执政
虽然选定巴沙尔接班，但阿萨德总统也没有忘记栽培马赫尔。1994年，马赫尔当上共和国卫队第101空降旅旅长，他与士兵们同甘共苦，结下深厚友谊。2000年6月10日，阿萨德去世，巴沙尔担任总统，随后马赫尔被调到第4装甲师第42旅当旅长，几个月后，被任命为共和国卫队司令兼第4装甲师师长，军衔达到少将，并进入执政的复兴社会党中央委员会。
在巴沙尔的领导团队里，小弟马赫尔和姐夫舒卡特均是“左膀右臂”。两人之前有过矛盾，1999年，他们围绕位高权重的军事情报局长一职爆发冲突，脾气暴烈的马赫尔居然拔枪射击，子弹击中舒卡特，幸好没有打中要害，但舒卡特宽宏大量，没有计较，结果这对冤家奇迹般地言归于好。
巴沙尔执政期间，大力推行改革，马赫尔则是哥哥在安全方面的得力助手，经常出谋划策。为了改善叙利亚的外部环境，2003年，马赫尔作为巴沙尔的特使来到约旦，秘密会见前以色列外交部秘书长本特祖尔，试图重启不预设条件的叙以和平谈判，可是这一进程因为美国的破坏而中断了。
在叙利亚权力格局中，掌管着叙利亚最精锐的共和国卫队和第4装甲师的马赫尔是不容忽视的人物，由于治军有方，马赫尔深受部下拥戴，被大家尊称为“头儿”。据美国“全球安全”网站介绍，共和国卫队重点保护叙利亚首都大马士革和代尔祖尔、哈塞克两省的油气资源，第4装甲师则是总统手里的“战略预备队”，是“应急处突”的骨干力量，该师总兵力约1.4万人，80%的军官和士兵都从阿萨德家族所信赖的什叶派阿拉维派中招募。
