结果，捻军大部队从开封以南轻松突破河防，深入兵力薄弱的山东。舆论一片哗然，指责曾国藩“縻饷两年、匪势益张”，清廷也没给他好脸色。这令他痛感“权位不可久处，益有忧谗畏讥之心矣。病假数月，继请开缺，以散员留军效力;又请削封爵，皆不许”。(《清史稿》)

捻军入鲁，其实很难说是曾国藩剿捻失败，因为文火功夫毕竟需要时间才能见效。有意思的是，同时期的一位英国传教士林辅华(CharlesWilfridAllan)，却认为曾国藩借此故意展示自己在军事方面的“突然无能”。果如此，则曾国藩简直就是以“自污”的方式消除人们对他能力的迷信，骨子里仍是“忧谗畏讥”四个字。

清廷的处理决定，是令曾国藩回任两江总督，“剿捻”钦差大臣则由李鸿章取代，这是曾国藩与李鸿章师生之间的第一次换位。其实，不给曾国藩实际处分，对清廷来说也是无奈。当初调曾国藩北上剿捻，不仅是指望老将出马、一个顶俩，也有调虎离山的想法：湘军虽然裁撤，但大量军官因军功而被提拔，并继续留在各个部门和各个岗位，尤其长期作为战区的两江，“湘军派”几乎垄断官场资源。将曾国藩调离两江，以李鸿章取而代之，绝对有分化瓦解的考量在内，否则直接起用李鸿章督率淮军“剿捻”岂不更为省事?