发源于西段的主要河流有叶尔羌河，主要靠冰雪融水补给，在盆地北部汇流成。 [5-6]

西段山地的北坡为山地荒漠和高寒荒漠景观。低于2700米的前山及中山带下部为红沙与合头草荒漠，砾-石质的山地棕漠土，上部为昆仑蒿为主的草原化荒漠，棕钙-淡栗钙土2700～3000米的下部沙土地带合头草荒漠，上部为紫花针茅、银穗羊茅占优势的山地草原，阴坡出现小片雪岭云杉林，与山地草原构成山地森林草原。在3000米的塔什库尔干宽谷中为高位沼泽化草甸。3100～3900米干旱冰碛丘陵与冰水冲积扇分布着雌雄麻黄为主的灌木荒漠。谷地两侧4000米以上为以粉花蒿和垫状驼绒藜占优势的高寒荒漠。4500～5500米的高山为刺矶松、高寒棘豆高寒半灌木荒漠。海拔5500～6500米的高山下部为高寒稀疏植被，上部为寒冻风化带。6500米以上为高山冰雪带。 [5-6]

中段

中段位于新藏公路与车尔臣河九个大坂山即东经77°～86°，主脉向南略呈弧形;克里雅山口和喀拉米兰山口是该段联系新疆―西藏通道。 [5-6]

中昆仑山海拔6000米以上的山峰有8座，如乌孜塔格(6254米)、慕士山(6638米)、琼木孜塔格(6920米)，平均海拔5000～5500米，北坡雪线5100～5800米。主要河流有喀拉喀什河、玉龙喀什河、克里雅河、尼雅河及安迪尔河，除和田河上源喀拉喀什河和玉龙喀什河水量较大，有利灌溉外，其他河流出山后很快没入塔克拉玛干沙漠中。 [5-6]