为了从这幅画及其不寻常之处获得更多的信息，研究人员还进行了其他的实验。数字分析发现，达芬奇的面部特征同画中这位女士的面部特征几乎完全一致。这足以使至少一位研究者相信，事实上这幅画是达芬奇刻意掩饰的自画像。

为了更科学地判定《蒙娜丽莎》更多的信息，2005年荷兰阿姆斯特丹大学的研究人员使用了“情绪识别”软件来判断主人公的情绪。这一技术由阿姆斯特丹大学和伊利诺伊大学联合研制，并在伊利诺伊大学厄本那香槟分校进行了测试。结果发现，这一变幻莫测的微笑中带有83%的喜悦，9%的厌烦，6%的恐惧，2%的愤怒和1%的无情绪，但没有惊讶的情绪。

其他测试已经断定达·芬奇最初画的蒙娜丽莎穿着一层薄纱衣，紧紧抓着她所坐的椅子的扶手，似乎要从椅子上起身。

其他研究人员仍对画的背景感到困惑，甚至已经开始推测达·芬奇创作的画中还有其他的图像，这和孩子们在做Highlights2杂志上的智力游戏时寻找隐藏的图画差不多。

美国业余画家罗恩·皮西里欧在观察达芬奇的名画《蒙娜丽莎》时，破解了一个隐藏500年的秘密——油画里隐藏着一系列动物头像，包括狮子、猿猴、水牛和鳄鱼。

皮西里欧说：“在文艺复兴时代，在画中隐藏图像很普遍，比如在提香和拉菲尔以及西斯廷教堂的壁画中都能找到例证。”

数码版“会动的蒙娜丽莎”由40位法国技术员和艺术家费时近一年共同完成。创始人Florent Aziosmanoff说：“身处数码时代，是时候让《蒙娜丽莎》变得更鲜活了，现在的她可以感知周围。”

“会动的蒙娜丽莎”使用交互视频游戏中使用的动作感应装置，借以帮助其领会观者的面部表情及动作，同时做出相应的情绪感应。巴黎互联网及多媒体协会会长Jean-Claude Heudin亲自开发该人工智能系统。

Jean-Claude Heudin评价到：“我们做的是艺术项目，而不是为了把蒙娜丽莎商业化进行牟利。我们希望游客来到巴黎，可以买到一些像样的纪念品，有意义也不贵。数码版蒙娜丽莎只是个开始，今后会有更多的互动项目和互动体验。”